Na zanieczyszczenie wód powierzchniowych i podziemnych ma wpływ również gospodarka rolnicza. Głównymi celami Wspólnej Polityki Rolnej (WPR) jest między innymi ograniczenie negatywnego wpływu rolnictwa na jakość wód, które traktuje się jako jedno z priorytetowych zadań w ochronie środowiska oraz przeciwdziałanie zmianom klimatu.

Określa się że zanieczyszczenie wód pochodzenia rolniczego mają charakter punktowy i obszarowy. Do punktowych zaliczamy obejścia w gospodarstwie, a mianowicie: składowiska nawozów naturalnych; wybiegi dla zwierząt; budynki inwentarskie; pryzmy kiszonek. Miejscami powstawania zanieczyszczeń wód w obejściu gospodarstwa mogą być również magazyny nawozów mineralnych, środków ochrony roślin, magazyny paliw oraz stanowiska napełniania opryskiwaczy, a także stanowiska mycia maszyn rolniczych. Do zanieczyszczeń obszarowych zaliczamy zanieczyszczenia pochodzące z terenów użytków rolnych. Głównymi związkami pochodzącymi z rolnictwa powodujące zanieczyszczenie wód to związki azotu i fosforu, pestycydy oraz ropopochodne.

W celu zapobieganiu zanieczyszczeniu wód powierzchniowych i podziemnych przez nawozy naturalne należy gromadzić i przechowywać w odpowiednich nieprzepuszczalnych budowlach, które zapobiegną dalszemu przedostawaniu się odcieków do gruntu i wód. Posadzki w budynkach inwentarskich powinny być wykonane z wodoszczelnego materiału, odpornego na przesiąkanie, dotyczy to przypadku utrzymania zwierząt inwentarskich na głębokiej ściółce. Zbiorniki na gnojowicę i gnojówkę powinny mieć możliwość przechowywana przez okres 6 miesięcy i dostosowane do wielkości produkcji nawozów naturalnych w gospodarstwie rolnym. Po za tym muszą być wykonane z wodoszczelnego materiału oraz przykryte osłoną elastyczną lub osłoną pływającą. W przypadku powierzchni płyty obornikowej powinna być dostosowana do 5 miesięcznego przechowywania nawozów naturalnych stałych oraz zapewnić nieprzepuszczalne podłoże i gromadzenia odcieków do szczelnego zbiornika.

Na podstawie przepisów z dnia 20 lipca 2017r Prawo wodne umożliwia również przechowywanie nawozów naturalnych stałych na gruntach ornych na okres 6 miesięcy przy zachowaniu odpowiednich warunków lokalizacji pryzmy, należy pamiętać że obornik pryzmuje się na płaskim podłożu o dopuszczalnym spadku do 3% na podłożu nie piaszczystym i nie podmokłym w odległości większej niż 25 m od linii brzegu wód powierzchniowych, pasa morskiego i ujęć wód, jeżeli nie ustanowiono strefy ochronnej. Obornik na pryzmie może być uformowany na tym samym miejscu po upływie 3 lat od dnia zakończenia przechowywania uprzedniego obornika. W przypadku przechowywania pomiotu ptasiego, zakazane jest jego przechowywanie bezpośrednio na gruncie przez cały rok.

Dostosowanie powierzchni lub pojemności posiadanych miejsc do przechowywania nawozów naturalnych do wymogów w Programie działań mających na celu zmniejszenie zanieczyszczenia wód azotanami pochodzącymi ze źródeł rolniczych oraz zapobieganie dalszemu zanieczyszczeniu należy spełnić w terminach do:

• 31 grudnia 2021r. w przypadku podmiotów prowadzących chów lub hodowlę zwierząt gospodarskich w liczbie większej niż 210 DJP, w tym podmiotów prowadzących chów lub hodowlę drobiu powyżej 40 000 stanowisk lub chów lub hodowlę świń powyżej 2000 stanowisk dla świń o wadze ponad 30 kg lub 750 stanowisk dla macior.
• 31 grudnia 2024 r. w przypadku podmiotów prowadzących chów lub hodowlę zwierząt gospodarskich w liczbie mniejszej lub równej 210 DJP.